Se encuentra ambientado entre el primer y segundo título de la saga, justo después de que Kratos venciera a Ares, el poderoso Dios de la Guerra. Un oráculo del Olimpo predijo que el "Guerrero marcado" destruiría al reinado de los Dioses, y quien controle al guerrero marcado, controlaría el destino del Olimpo. Debido a la extraña marca de nacimiento de Deimos, los Olimpicos suponen que él sería el guerrero marcado. Por tanto, Ares interrumpe el entrenamiento de Kratos y su hermano, y secuestra a Deimos ante la mirada de éste, quien intenta detener a Ares, pero es inútil, ya que de un sólo golpe queda fuera de combate y con una gran herida en su ojo derecho (dando lugar a la afamada cicatriz). Al asumir como nuevo Dios de la Guerra, Kratos está en el trono que antaño pertenecia a Ares, donde tiene una visión acerca de su hermano y su madre, Calisto, pidiendo su ayuda desde lo que parecía ser el templo de Poseidón en Atlantis.
Luego de la batalla con Erinias, la hija de Tánatos, Kratos llega finalmente a Esparta, y encuentra a un grupo de espartanos destruyendo la estatua de Ares para, en su lugar, erigir un nuevo monumento al actual Dios de la Guerra, Kratos. Dentro del templo, Kratos se encuentra con el espíritu de él mismo cuando niño, quien lo ataca y luego de su muerte suelta la Calavera de Keres, la llave para entrar en los dominios de la muerte. Al obtener esto, Kratos sabe que debe dirigirse a Atlantis. A la salida del templo, el último espartano (con su 1ra aparición en God of War II) hace entrega de las Armas de Esparta, las armas que antaño pertenecieron a Kratos como general.
Kratos entra en los dominios de la muerte, donde encuentra a su torturado hermano Deimos quien, luego de ser liberado, querra tomar venganza, ya que culpa a Kratos de no haberlo salvado ese día. Luego de una dura batalla (la cual Deimos gana), interviene Tánatos, el Dios de la Muerte, quien lo lleva hacia la Cima del Suicidio, donde intentará tirarlo por el acantilado. Kratos llega justo a tiempo y salva a Deimos, y además le hace entrega de las Armas de Esparta. Justo antes de vencer a Tánatos, éste toma la forma de demonio y estrella a Deimos contra las montañas que hay a su alrededor, matándolo. Debido a esto, Kratos se enfurece tanto que sus armas se infunden en fuego, aumentando su daño. Tánatos muere, y Kratos lleva a Deimos hasta la cima de la montaña, donde el enigmático Enterrador estará esperando con 3 tumbas cavadas. Luego de esto, Atenea sale del portal del Olimpo y le informa que está listo para ser un Dios. Kratos, enfurecido, jura tomar venganza contra los Dioses. Luego, el Enterrador comienza a enterrar a Calisto, diciendo "Y ahora... sólo uno queda", refiriéndose a Kratos.